西南交通大学土木工程学院是中国近代土木工程高等教育的重要发祥地之一。1896年，西南交通大学前身山海关铁路官学堂诞生，学校当时仅设有土木工程系，于1897年春在天津招收了第一届学生20名，是我国高校中成立最早的土木工程系。至1949年新中国成立前，土木工程系已设置了铁道工程、结构工程、水利工程、卫生工程、建筑工程等五个专业。1952年全国高校院系调整， 重庆大学、清华大学、哈尔滨铁道学院的铁道工程专业部分师生调入我校土木系。1958年，学校在铁道建筑系（原土木系一部分）创办水文地质与工程地质专业，1974年，又在铁道工程系新设航空测量专业。1990年，学校开始将分属土木、地质、测绘学科的系、所、中心整合成立土木工程学院。